Κατά την άλωση του Χάνδακα από τον Κιουπρουλή Πασά, στην πόλη μας υπήρχαν 113 ορθόδοξοι και 16 καθολικοί ναοί. Τους κατέλαβαν όλους οι κατακτητές με εξαίρεση το μικρό Ναό του Αγίου Ματθαίου, για τον οποίο μεσολάβησε ο Παναγιώτης Νικούσιος (μέγας διερμηνέας του κατακτητή) να παραχωρηθεί στους υπάρχοντες χριστιανούς, αρκετά λίγους, προκειμένου να τελούν τα θρησκευτικά τους καθήκοντα.
Πράγματι ο Κιουπρουλής διέταξε να βρεθεί ένας τέτοιος μικρός ναός σε αφανές και απόκεντρο σημείο του Χάνδακα. Επρόκειτο για το παρεκκλήσιο του Αγίου Ματθαίου, το οποίο ανήκε σε κάποια οικογένεια, ονομαζόμενη του Μαρκοφαντέου.
Μόλις παραχωρήθηκε το παρεκκλήσιο στους χριστιανούς του Χάνδακα, προχειρίσθη Μητοπολίτης Κρήτης ο Νεόφυτος Πατελάρος, ευνοούμενος του Κιουπρουλή Πασά. Ο Νικούσιος όμως ήθελε να κάνει κουμάντο και να διευθύνει ο ίδιος τα πράγματα.
Αποτέλεσμα να επέλθει ρήξη με τον φιλότιμο Κρήτη Μητροπολίτη και θέλοντας ο Νικούσιος να τον εκδικηθεί, αφιέρωσε τον Άγιο Ματθαίο στους Σιναΐτες, απαγορεύοντας στον Πατελάρο να ιεροπράττει σ’ αυτόν χωρίς την άδεια των Σιναϊτών.
Η κατάσταση οξύνθηκε πάρα πολύ και ο Μητροπολίτης Νεόφυτος αναγκάσθηκε να φύγει μακριά από την Κρήτη και να τελειώσει τις μέρες του στην Βλαχία, όπου είχε αποσταλεί ως Μητροπολίτης. Στον θρόνο τον Νεόφυτο διαδέχθηκε ο Αρσένιος, και αυτόν ο εκ Καλλιπόλεως Αθανάσιος ο οποίος επεχείρησε να ανακαινίσει και να κάνει Μητροπολιτικό Ναό κάποια πεπαλαιωμένη εκκλησία στη συνοικία «Μικρό Τσαρσάκι», εντός του κήπου της Μαριώς.
Άρχισαν οι εργασίες και την παραμονή των εγκαινίων του Ιερού Ναού, ήρθε φιρμάνι από την Κων/λη πως ο Ναός έπρεπε να κατεδαφισθεί την επαύριο με τηλεβόλα. Ο Μητροπολίτης Αθανάσιος απαρηγόρητος κυριεύθηκε από μεγάλη θλίψη και εξαιτίας αυτής πέθανε την 3ηΦεβρουαρίου το 1697.
Η συνοικία «Μικρό Τσαρσάκι» είναι στην περιοχή της Αγίας Τριάδας. Τον Αθανάσιο διαδέχθη ο Καλλίνικος και ακολούθησαν την διαδοχή οι: Αρσένιος, Ιωάσαφ, Κωνσταντίος (καταγόμενος από την Κρήτη, εξορισθείς στο Άγιον Όρος, απέθανε εκεί), ο Ρεθύμνης Δανιήλ, ο οποίος καθηρέθη από την Σύνοδο κληρικών και αρχιερέων γιατί ήθελε να αποσχίσει την Εκκλησία της Κρήτης από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Τον Δανιήλ διαδέχθη ο Μονεμεμβασίας Γεράσιμος, Κρης το γένος και μάλιστα εκ Χάνδακος. Αυτός κατόρθωσε με πολλές προσπάθειες και με την εύνοια του Μεγάλου Βεζύρη ν’ ανοίξει τον σημερινό Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά, ευρισκόμενο εντός της πατρικής του οικίας.
Το άνοιγμα της ιστορικής μας αυτής εκκλησίας, έγινε την 10η Νοεμβρίου 1735. Οι Μητροπολίτες μαζί με τους Σιναΐτες για πολλά χρόνια εξακολουθούσαν να διανέμονται εξίσου τα εισοδήματα Αγίου Ματθαίου και Αγίου Μηνά. Πλούσια Σιναϊτική μονή κατά την διάρκεια των Ενετών, αποτελούσε και ο Ναός της Αγίας Αικατερίνης.
Εκεί λειτουργούσε η περιώνυμος Σιναία Σχολής την οποία μαθήτευσαν και εδίδαξαν μεγάλοι και επιφανείς Κρήτες όπως ο Μελέτιος Πηγάς, ο Κύριλλος Λούκαρης, ο Ιεροσολύμων Νεκτάριος, ο Μελέτιος Μακρής και άλλοι. Μετά την κατάληψη μετακόμισαν οι Σιναΐτες στον Άγιο Ματθαίο. Άγιος Ματθαίος και Μεγάλο Κάστρο!
Τότε που οι χτύποι της καμπάνας του έβρισκαν την πόλη μας στο πόδι, από τη βαθιά νύχτα, χειμώνα – καλοκαίρι. Ανασκουμπωμένοι όλοι τους από το βαθύ πρωινό ρίχνονταν στις δουλειές τους. Τεχνίτες, καλφάδες, αφεντιά.
Άγιος Ματθαίος με τη μοναδική σε ομορφιά και ιστορία γειτονιά του. Μετά τον μαχαλά της εκκλησίας του Αγίου Μηνά και το πλατύ σοκάκι (το σημερινό δρόμο Κατεχάκη) και την βρύση «Καρά Κανατί» (στην πλατεία που είναι σήμερα τα γραφεία της εφημερίδας «ΠΑΤΡΙΣ») άρχιζε η γειτονιά του.
Λίγο πιο κάτω από τον ιερό Ναό ήταν τα Σπιτάλια, (παλιό νοσοκομείο στην αρχή, στη συνέχεια εκεί στεγαζόταν η Παιδαγωγική Ακαδημία και σήμερα βρίσκεται το όγδοο Δημοτικό σχολείο Ηρακλείου). Λίγο πιο πάνω το Μακρύ Σοκάκι (η σημερινή οδός Γιαννίκου) και στο τέρμα της ο μαχαλάς της Πηγάδας με τα πολλά νερά και τα πλούσια περιβόλια της.