Στις 14-9-1943 μαζί με τον πατέρα του και 80 Βιαννίτες αντιμετωπίζει το εκτελεστικό απόσπασμα, μετά το Ολοκαύτωμα της Βιάννου με τους 400 εκτελεσθέντες, αλλά σώζεται την τελευταία στιγμή. Οι κακουχίες, όμως, δεν κάμπτουν το ηθικό ούτε σ’ αυτόν ούτε στους άλλους νέους Βιαννίτες και αυτό γίνεται φανερό τόσο κατά τη διάρκεια της Κατοχής όσο και μετά την απελευθέρωση, καθώς ως νέος Βιαννίτης συμμετέχει στις καντάδες της εποχής του παρέα με τους Βαγγέλη Ηγουμενίδη, Κώστα Βλαχάκη, Μανόλη Φουρναράκη, κ.ά.
Οργανοπαίκτες της παρέας είναι ο Νίκος Καρτσάκης ή Σαββαντωνιό (βιολί) και ο Βαγγέλης Παπαγιαννάκης (μαντολίνο), ενώ αργότερα (μετά το 1944) προστίθεται και ο Γιώργος Παπαμαστοράκης (μαντολίνο).
Συχνές οι σαιξπηρικές σκηνές «του μπαλκονιού», δανεισμένες από τον «Ρωμαίο και την Ιουλιέτα», οπου ο ερωτευμένος νέος με το πέρας της καντάδας ανεβαίνει στις πλάτες των άλλων κανταδόρων για να φτάσει το μπαλκόνι της καλής του για ένα φιλί. Εκείνη την περίοδο (1940-1943) κάνει και τα πρώτα βήματα στο χώρο της ψαλτικής τέχνης μαθητεύοντας κοντά στον παπα-Μιχάλη Μπιτσακάκη. Μετά το 1945 με τον ερασιτεχνικό θεατρικό θίασο της Βιάννου παρουσιάζει 3 θεατρικά έργα: «Χριστός Ανέστη» του Σωτήρη Σκίπη, «Μπροστά στο θάνατο» του Βελισάριου Φρέρη και ένα βουκολικό έργο του Περισσειάδη, τα οποία παρουσιάζονται στο Γυμνάσιο και στο καφενείο της Βιάννου.
Από τον Οκτώβριο του 1946 μέχρι και το 1949 εξορίζεται στη Μακρόνησο. Το 1950 επιστρέφει στη Βιάννο και συνεργάζεται με την ερασιτεχνική βιαννίτικη θεατρική ομάδα, ενώ ταυτόχρονα πρωτοστατεί στις βιαννίτικες χοροεσπερίδες καθιερώνοντας τους ευρωπαϊκούς χορούς.
Παράλληλα, αναλαμβάνει ξανά πρωτοψάλτης της εκκλησίας του Άγιου Γεώργιου Βιάννου. Το 1951 σώζεται από το ναυάγιο του καραβιού Αδρίας, ενώ τον ίδιο χρόνο πρωτεύει στις εισαγωγικές εξετάσεις της Μετεωρολογικής Σχολής Αθηνών. Από το 1952 έως το 1956 φοιτά ταυτόχρονα και στη Δραματική Σχολή Αθηνών του Κώστα Μιχαηλίδη ενώ κατά το χρονικό διάστημα 1952-1953 μαθητεύει κοντά στη διάσημη σοπράνο Δανάη Στρατηγοπούλου καλλιεργώντας τη φωνή του βαρύτονου. Το 1956, πτυχιούχος της Σχολής Θεάτρου, παίρνει μέρος σε δύο θεατρικά έργα («Βασιλική» του Μάτεση και «Δωδεκάτη νύχτα» του Σαίξπηρ) με κλιμάκιο του Εθνικού Θεάτρου. Ταυτόχρονα σπουδάζει βυζαντινή μουσική στο Εθνικό Ωδείο Αθηνών από όπου και παίρνει το πτυχίο βυζαντινής μουσικής.
Η πρώτη του μετάθεση ως μετεωρολόγος είναι στο νησί της Σάμου, στο οποίο παραμένει από το 1957 έως και το 1963, όπου συνεργάζεται ως ηθοποιός και σκηνοθέτης με την τοπική ερασιτεχνική θεατρική ομάδα του συλλόγου «Φίλοι της πόλης» και το Λύκειο των Ελληνίδων. Το 1958 στον Κότσικα Σάμου παντρεύεται την Κεφαλονίτισσα φαρμακοποιό Ματθίλδη Λιναρδάτου και το 1960 γεννιέται το παιδί τους, ο Γιώργος.
Ο επόμενος σταθμός στη ζωή του Μανόλη Στρατάκη είναι η Σύρος, όπου υπηρετεί ως προϊστάμενος της Μετεωρολογικής Υπηρεσίας από το 1962 έως και το 1972. Στη Σύρο αναλαμβάνει καλλιτεχνικός διευθυντής του Λυκείου Ελληνίδων και σκηνοθετεί στο Δημοτικό Θέατρο «Απόλλων» πολλά θεατρικά έργα. Το 2002 ο Δήμος Ερμούπολης τον βράβευσε για την προσφορά του. Μέσα στη δικτατορία και συγκεκριμένα το 1972 μετατίθεται στην Αθήνα όπου και παραμένει μέχρι το 1983.
Το 1983 επιστρέφει στην Κρήτη και το 1996 και το 1997 συνεργάζεται με τη θεατρική ομάδα των φαρμακοποιών της πόλης του Ηρακλείου και με τη θεατρική ομάδα Αρκαλοχωρίου. Ταυτόχρονα συμμετέχει στη χορωδία του Αγίου Μηνά, ενώ το 2005 και το 2006 πρωταγωνιστεί ως αφηγητής και τραγουδιστής στα ορατόρια «Δοξαστικό στη Θυσία της Βιάννου» (μουσική Ιωάννης Δαμαρλάκης) και «Χαίρε Κύπρος» (μουσική Ι. Δαμαρλάκης). Επίσης, επί σειρά ετών αρθρογραφεί στον τοπικό τύπο και πιο συγκεκριμένα στις εφημερίδες Βιαννίτικα Νέα, Ηχώ της Βιάννου, Μεσόγειος, Τόλμη και Πατρίς, με σχόλια πολιτικά, πολιτιστικά και κοινωνικά τόσο σε τοπικό επίπεδο (Ηράκλειο, Βιάννος) όσο και σε πανελλήνιο.
Σημαντικό κεφάλαιο στη ζωή του Μανόλη Στρατάκη αποτελεί η δημιουργία φωτογραφικού αρχείου που το μεγαλύτερο μέρος του αφορά τη νεότερη ιστορία της Βιάννου από το 1930 έως το 1960 περίπου. Μέσα από αυτές τις φωτογραφίες περιπλανιόμαστε στο χρόνο, στους ανθρώπους και στον τόπο που αυτοί έζησαν. Αυτά τα στιγμιότυπα αποτρέπουν τη λήθη και αποτελούν αδιάψευστους μάρτυρες της ζωντανής παρουσίας αγαπημένων προσώπων που έφυγαν και των τόπων που άλλαξαν.
Με αυτό τον τρόπο διατηρούν άσβεστες τις μνήμες αλλοτινών καιρών. Ολόκληρη η πορεία της ζωής του Μανόλη Στρατάκη μπορεί να χαρακτηριστεί με δυο λέξεις: «τέχνη βιαννοκεντρική». Τέχνη, διότι ο ίδιος υπηρέτησε πιστά το θέατρο και τις αξίες του· βιαννοκεντρική, καθώς η υπέρμετρη αγάπη του για την ιδιαίτερη πατρίδα του τον οδηγεί συχνά στην έκφραση: «η μάνα μας η Βιάννος».