Στην Αρχαία Ελλάδα τα «επίσημα» ή «παράσημα» ήταν διακριτικά «σημεία», κυρίως σε ασπίδες, όπου απεικονίζονταν ζώα, μυθικά τέρατα και γράμματα, ενώ οι «φοινικίδες» ήταν υφασμάτινες σημαίες για τις πολεμικές μάχες και την Εκκλησία του Δήμου.
Στη ρωμαϊκή εποχή διαδόθηκαν τα «σίγνα» και το σύμβολο του αετού, ενώ σχηματίστηκαν τα «φλάμπουρα», σημαίες σε σχήμα φλόγας με δύο ή τρεις ερυθρές και κυανές «γλώσσες».
Η μεγάλη αλλαγή στη σημαία της Ανατολικής Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας συντελέστηκε το 312 μ.Χ., όταν παρουσιάστηκε στον Μέγα Κωνσταντίνο ως θείο όραμα στον ουρανό ένας σταυρός με την επιγραφή «ΕΝ ΤΟΥΤΩ ΝΙΚΑ». Τότε καθιερώθηκε για πρώτη φορά ο χριστιανικός σταυρός στην αυτοκρατορική σημαία του Βυζαντίου, στη θέση του ειδωλολατρικού ρωμαϊκού αετού.
Τον 11ο αι. ο Ισαάκιος Κομνηνός εδραίωσε το θυρεό της οικογενείας του στη σημαία του Βυζαντίου, τον δικέφαλο αετό, που υιοθετήθηκε από το Οικουμενικό Πατριαρχείο προσθέτοντας στο δεξί πόδι αυτοκρατορικό σκήπτρο και στο αριστερό ποιμαντική ράβδο.
Μετά τη Δ’ Σταυροφορία, ο Ιωάννης Γ΄ Βατατζής, συνεχιστής του βυζαντινού θρόνου στο κράτος της Νίκαιας, επεμβαίνει στο σύμβολο, τοποθετώντας στο δεξί πόδι ρομφαία, στο αριστερό υδρόγειο με σταυρό στην κορυφή της και επίστεψη στις κεφαλές, σημαία που διατηρείται χωρίς ιδιαίτερες τροποποιήσεις μέχρι το 1453.
Μετά την οθωμανική κατάκτηση, οι ελληνορθόδοξοι πληθυσμοί δημιούργησαν αυτοσχέδιες σημαίες στα κατά τόπους επαναστατικά κινήματα και ανάλογα την πίστη του οπλαρχηγού απεικονίζονταν σύμβολα της αέναης ελληνοχριστιανικής παράδοσης, ο σταυρός, ο μονοκέφαλος ή δικέφαλος αετός, εικόνες αγίων, μυθολογικά σύμβολα και ζώα, θρησκευτικές και λαϊκές φράσεις. Ο σταυρός κυριαρχούσε στα εορταστικά φλάμπουρα των κλεφταρματολών και στα «μπαϊράκια» των επαναστατών.
Η σημαία της Φιλικής Εταιρείας αποτέλεσε το πρώτο ενωτικό σύμβολο των ελληνορθόδοξων και έφερε τον ιερό δεσμό με τις 16 στήλες, έναν ερυθρό σταυρό εντός κλάδων ελαιών και λογχοφόρων σημαιών με τα γράμματα Η ΕΑ Η ΘΣ (Ελευθερία ή Θάνατος).
Στην έναρξη της Επανάστασης στο Ιάσιο της Μολδαβίας το 1821 ο Α. Υψηλάντης με τον Ιερό Λόχο υψώνουν την πρώτη σημαία της Επανάστασης, τρίχρωμη με οριζόντιες στήλες, σε ερυθρό, λευκό και μαύρο. Από τη μια πλευρά εικονιζόταν ο αναγεννώμενος φοίνικας και η φράση «ΕΚ ΤΗΣ ΚΟΝΕΩΣ ΜΟΥ ΑΝΑΓΕΝΝΩΜΑΙ» και από την άλλη οι άγιοι Κωνσταντίνος και Ελένη με την επιγραφή «ΕΝ ΤΟΥΤΩ ΝΙΚΑ».
Στην Α΄ Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου το 1822 επισημοποιήθηκε η σημαία του Αγώνα, κυανή με λευκό σταυρό στη μέση για τον στρατό ξηράς (άρθρο ρδ΄) και το Εκτελεστικό Σώμα στην Κόρινθο όρισε για τα εμπορικά πλοία σημαία κυανού χρώματος με έναν κυανό σταυρό σε ένα λευκό τετραγωνικό πλαίσιο στην εσωτερική άνω γωνία και για τα πολεμικά εννέα εναλλασσόμενες οριζόντιες λωρίδες, πέντε κυανές και τέσσερις λευκές με έναν λευκό σταυρό σε ένα κυανό τετραγωνικό πλαίσιο στην ίδια γωνία (Διάταγμα 540).
Έχουν διατυπωθεί διάφορες ερμηνείες για τη σημαία του στρατού ξηράς, την επίσημη εθνική χωρίς σημαντικές τροποποιήσεις από το 1822 έως το 1978, όπως και του πολεμικού ναυτικού που την αντικατέστησε μεταπολιτευτικά μέχρι σήμερα, αν και δεν καταγράφεται κάτι ρητά στις πρωτογενείς πηγές. Υποστηρίζεται ότι το κυανό συμβολίζει τον ουρανό, τη θεϊκή παρέμβαση στον Αγώνα και τη ναυτική βράκα, ενώ στο λευκό αποσυμβολίζονται αντίστοιχα ο αφρός των κυμάτων, η αγνότητα του σκοπού των Ελλήνων και το χρώμα της φουστανέλας.
Η πιο διαδεδομένη ίσως ερμηνεία αναφέρει ότι οι 9 λωρίδες αριθμούν τις συλλαβές της κυρίαρχης επαναστατικής φράσης: «Ελευθερία ή Θάνατος». Η γαλάζια σημαία με τον άσπρο σταυρό του Ι. Σταθά το 1807 και του Παπαφλέσσα το 1821 αποτέλεσαν προπομπούς της πρώτης επίσημης, ενώ του πολεμικού ναυτικού συναντάται πρωτίστως στον Νικηφόρο Φωκά. Το 1828 ο Ι. Καποδίστριας εξομοίωσε τη σημαία των εμπορικών πλοίων με του πολεμικού ναυτικού και το 1833 προστέθηκε ο βαυαρικός θυρεός του Όθωνα στο κέντρο του σταυρού.
Το 1863 ο Γεώργιος Α΄ αντικατέστησε το βαυαρικό σύμβολο με το στέμμα και από το 1864 έως σήμερα η πολεμική κυανή σημαία με τον λευκό σταυρό φέρει τη μορφή του Αγ. Γεωργίου. Το 1914 η σημαία των φρουρίων παραχωρήθηκε στα υπουργεία, τις πρεσβείες, τα δημόσια και δημοτικά καταστήματα, ενώ για ιδιωτική χρήση επιτρεπόταν μόνο του εμπορικού ναυτικού. Η έκπτωση της βασιλείας το 1924 αφαίρεσε τα σύμβολά της, αλλά το 1935 επανήλθαν με την κατάργηση της αβασίλευτης δημοκρατίας.
Το 1967 η δικτατορία των συνταγματαρχών αφαίρεσε το στέμμα και το 1969 καθιέρωσε σημαία του κράτους εκείνη του πολεμικού ναυτικού. Το 1975 η κυανή σημαία με τον λευκό σταυρό επισημοποιείται ξανά, όμως από το 1978 εδραιώνεται ως εθνική, η ναυτική πολεμική σημαία (Νόμος 851/1978). Συνοψίζοντας, η ιστορική εξέλιξη της ελληνικής σημαίας διαμορφώνεται στην προσπάθεια των ελληνορθόδοξων πληθυσμών να εκφράσουν την πολιτισμική αυτοσυνειδησία και το αυτεξούσιό τους.
Στα επαναστατικά σύμβολα και τις επίσημες σημαίες του νεοελληνικού κράτους αποκρυσταλλώνεται η ζωντανή και δίχως όρια, αέναη ιστορία της «ελληνικής ψυχής», η χριστιανική ορθόδοξη πίστη, το γαλάζιο και λευκό του φυσικού και τεχνητού πλούτου, η αγωνιστικότητα και η φιλοπατρία που εμπερικλείεται στις ρήσεις «ΕΛΕΥΘΕΡΙΑ Ή ΘΑΝΑΤΟΣ» και «Η ΤΑΝ Ή ΕΠΙ ΤΑΣ», ενώνοντας συνειδησιακά το πεπρωμένο της αρχαιοελληνικής, βυζαντινής και νεοελληνικής ένδοξης ιστορίας.