Ο Καθεδρικός Ναός του Αγίου Μηνά ξεκίνησε να χτίζεται στις 25 Μαρτίου 1862 από τον Μητροπολίτη Κρήτης Διονύσιο.
Η κατασκευή του διακόπηκε κατά την Κρητική Επανάστασητου 1866 και τελικά ολοκληρώθηκε στις αρχές του 1895. Τα εγκαίνια του Ναού έγιναν στις 16 Απριλίου 1895 από το Μητροπολίτη Κρήτης Τιμόθεο Α’.
Ο χώρος στον οποίο χτίστηκε ο Ναός ήταν κήπος που ανήκε σε τουρκική οικογένεια.
Στον κώδικα του Ναού αναφέρεται ότι ο κήπος αγοράστηκε από την επιτροπή ανέγερσης του Ναού.
Επιπλέον χώρος αγοράστηκε από τον Αλή Βαϊράμογλου έναντι 60.000 γροσίων.
Η δαπάνη για την ανέγερση καλύφθηκε από συνδρομές χριστιανών της πόλης και της υπαίθρου, καθώς και από τακτικές
εισφορές από διάφορα μοναστήρια.
Ποσό 112.000 γροσίων αναλήφθηκε το 1864 από δάνειο της Χριστιανικής Ορφανικής Τράπεζας Ηρακλείου.
Το ίδιο έτος κυκλοφόρησε ειδικό λαχείο για τη συγκέντρωση ποσού 2.000.000 γροσίων.