Η εκκλησία μας γιορτάζει σήμερα τη μνήμη του Αγίου Αντωνίου που ήταν ο πρώτος ασκητής του Χριστιανισμού, ο οποίος θεμελίωσε τον υγιή μοναχισμό.
Πολλές είναι οι εκκλησίες που γιορτάζουν σήμερα σε όλη την Κρήτη, όπως αυτή στο Αγιοφάραγγο, το πρώτο κέντρο ασκητικού βίου όχι μόνο της περιοχής αλλά ολόκληρης της Κρήτης, από τα πρώτα κιόλας χριστιανικά χρόνια.
Η εκκλησία του Αγίου Αντωνίου πιστεύεται ότι έχει ανακαινιστεί τρεις φορές για να πάρει τη σημερινή της μορφή. Στην αρχή ήταν ένα μικρό εκκλησάκι σε μια μικρή σπηλιά μέσα στον βράχο, αλλά καθώς περνούσαν τα χρόνια και μεγάλωνε ο αριθμός των ασκητών, χρειαζόταν μεγαλύτερη εκκλησιά γι’ αυτό και τη μεγάλωσαν.
Για τρίτη και τελευταία φορά ανακαινίστηκε ή μεγάλωσε κατά τον 14ο ή 15ο αιώνα και έτσι διατηρείται μέχρι σήμερα. Είναι αρίστης τεχνικής αρχιτεκτονικής και είχε τοιχογραφηθεί, αλλά λόγω του ότι βρίσκεται κοντά στη θάλασσα, οι τοιχογραφίες καταστράφηκαν. Έξω από την εκκλησία υπάρχει ένα πηγάδι από το οποίο προμηθεύονταν το νερό τους οι ασκητές καθ’ ότι δεν υπάρχει εκεί κοντά καμιά πηγή.
Νότια από την εκκλησία πάνω σ’ ένα μικρό ύψωμα βρέθηκε συλημένος κυκλικός θολωτός μινωικός τάφος που δείχνει την ανθρώπινη παρουσία από την Μινωική εποχή.