Με εξαιρετική επιτυχία πραγματοποιήθηκε η συμμετοχή του 13ου Γυμνασίου Ηρακλείου στο 1ο Μαθητικό Περιβαλλοντικό Συνέδριο που υλοποιήθηκε υπό την Αιγίδα του Οικουμενικού Πατριαρχείου, στο Ζωγράφειο Λύκειο, από τις 4/4/2024 έως 7/4/2024, στην Κωνσταντινούπολη. Στις εργασίες του Συνεδρίου συμμετείχαν δια ζώσης 2119 μαθητές/τριες από 117 σχολικές μονάδες της χώρας. Σκοπός του ήταν να λειτουργήσει ως πεδίο συνεργασίας, εκπαίδευσης και δημιουργικού διαλόγου μεταξύ μαθητών/τριών και εκπαιδευτικών από σχολεία της Ελλάδας και της ομογένειας σε θέματα περιβάλλοντος και αειφορίας στη βάση της ατζέντας για τη βιώσιμη ανάπτυξη, χτίζοντας γέφυρες επικοινωνίας ανάμεσα στα σχολεία της Ελλάδας και της ομογένειας.
Στο πλαίσιο αυτό ομάδα του σχολείου, αποτελούμενη από 25 μαθητές και τρεις συνοδούς καθηγητές, είχε τη δυνατότητα να αναδείξει όψεις της πολιτιστικής κληρονομάς και του φυσικού περιβάλλοντος της πόλης του Ηρακλείου, με έμφαση στα Ενετικά Τείχη. Η εμπλοκή των μαθητών/τριών στο δίκτυο συντέλεσε ώστε να καλλιεργήσουν τον κριτικό τρόπο σκέψης, να αναπτύξουν κοινωνικές δεξιότητες και να αποκτήσουν εμπειρίες βιωματικής μάθησης, συνεργασίας και συμμετοχής στην πορεία ενδυνάμωσής τους ως «ενεργοί πολίτες». Παράλληλα με τις εργασίες του συνεδρίου, η ομάδα είχε την ευκαιρία να επισκεφτεί μνημεία που σφράγισαν την πορεία του Ελληνισμού ενώ η συνάντηση με τον Παναγιώτατο κ.κ. Βαρθολομαίο στο Οικουμενικό Πατριαρχείο, την καρδιά της Χριστιανοσύνης, αποτέλεσε μια ιδιαίτερα συγκινητική εμπειρία για μαθητές και εκπαιδευτικούς.