Την έντονη αντίδραση του Συλλόγου Αρχιτεκτόνων νομού Ηρακλείου έχει προκαλέσει το γεγονός ότι η αρχαιολογία, παρά τις αντιδράσεις που διατυπώνονται, εξακολουθεί να διενεργεί μορφολογικούς ελέγχους, επιβάλλοντας περιορισμούς στο τελικό ύψος των προτεινόμενων κτηρίων.
Ο Σύλλογος υποστηρίζει ότι συνεχίζεται η καταχρηστική επιβολή πολεοδομικών μεγεθών από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Ηρακλείου, πέρα και εκτός των θεσμοθετημένων ζωνών ελέγχου της, και αποτέλεσμα της κατάστασης αυτής, είναι να μην μπορεί να εφαρμοστεί ο οικοδομικός κανονισμός με τα επιτρεπόμενα ύψη κτηρίων που θεσμοθετεί.
Ο Σύλλογος σημειώνει ότι ο οριοθετημένος αρχαιολογικός χώρος του Ηρακλείου καλύπτει τον ιστορικό αστικό ιστό στην παλιά πόλη, και μία ζώνη πλάτους ενός οικοδομικού τετραγώνου, περιμετρικά της εξωτερικής πλευράς της ενετικής οχύρωσης.
Σε όλη αυτή την έκταση, επιβάλλεται από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Ηρακλείου μορφολογικός έλεγχος στις κατασκευές ή τις ανακαινίσεις των όψεων των κτηρίων καθώς και έλεγχος εκσκαφών, αν απαιτείται.
Όμως αυτό που διαπιστώνει ο Σύλλογος Αρχιτεκτόνων μετά από διαμαρτυρίες των μελών του είναι ότι εκτός από την παραπάνω οριοθετημένη περιοχή, η αρχαιολογία παρεμβαίνει και απαιτεί να διενεργεί μορφολογικούς ελέγχους, με επιβολή και περιορισμό στο τελικό ύψος των προτεινόμενων κτηρίων.
Αποτέλεσμα της κατάστασης αυτής είναι να μην μπορεί να εφαρμοστεί ο οικοδομικός κανονισμός με τα επιτρεπόμενα ύψη κτηρίων που θεσμοθετεί. Στο πλαίσιο αυτό ο Σύλλογος ζητά να σταματήσει η επιβολή πολεοδομικών μεγεθών που ασκείται καταχρηστικά και καθ’ υπέρβαση των κανόνων και του νόμου, εκτός των θεσμοθετημένων ζωνών ελέγχου και μάλιστα για το σκοπό αυτό, ζητά να εκδοθεί κανονιστική διευκρινιστική εγκύκλιος η οποία θα ξεκαθαρίζει το όλο θέμα.