Μέχρι πρότινος, το ΕΑΠ διοικούνταν από διοικούσες Επιτροπές, ωστόσο, μετά την πρόσφατη ψήφιση του ν. 5094/2024 (για τα μη κρατικά πανεπιστήμια), δόθηκε η δυνατότητα αυτοδιοίκησης στο πανεπιστήμιο.
Παράλληλα με την εκλογή του πρώτου Πρύτανη ορίστηκαν, με βάση την πρόταση του εκλεγέντα πρύτανη, και οι πρώτοι τέσσερις αντιπρυτάνεις του ΕΑΠ:
– Αθανάσιος Μιχιώτης, καθηγητής Α’ βαθμίδας της Σχολής Κοινωνικών Επιστημών του ΕΑΠ, αντιπρύτανης Έρευνας και Καινοτομίας.
– Τάκης Καγιαλής, καθηγητής Α’ βαθμίδας της Σχολής Ανθρωπιστικών Επιστημών του ΕΑΠ, αντιπρύτανης Ακαδημαϊκών Υποθέσεων και Εξωστρέφειας.
– Ευθύμιος Ζέρβας, καθηγητής Α’ βαθμίδας της Σχολής Εφαρμοσμένων Τεχνών & Βιώσιμου Σχεδιασμού του ΕΑΠ, αντιπρύτανης Υποδομών και Οικονομικών.
– Βασίλης Βερύκιος, καθηγητής Α’ βαθμίδας της Σχολής Θετικών Επιστημών & Τεχνολογίας του ΕΑΠ, αντιπρύτανης Φοιτητικής Μέριμνας.