Ο Εργοτέλης έχει πέσει κι άλλες φορές αλλά βρήκε την δύναμη και σηκώθηκε αμέσως. Από το 2004 που ανέβηκε για πρώτη φορά στην Σούπερ Λίγκα υποβιβάστηκε δυο φορές αλλά και τις δυο είχε άμεση απάντηση την άνοδο του την αμέσως επόμενη χρονιά. Ακόμα κι όταν αποχώρησε από την Φουτμπολ Λιγκ και συμμετείχε στο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής (2017) ανέβηκε αμέσως ξανά στα επαγγελματικά πρωταθλήματα.
Η πρώτη άνοδος στην SL
Στις 30 Μαΐου 2004, ο Εργοτέλης νίκησε με 1-0 του Ακράτητο στο μπαράζ αυτό που έγινε στο ουδέτερο γήπεδο του Μακεδονικού με γκολ του Ζαν Μαρί Σιλά στις καθυστερήσεις, και έγινε έτσι η δεύτερη ομάδα του Ηρακλείου (μετά τον ΟΦΗ) στην Σούπερ Λιγκ.
Η έλλειψη εμπειρίας την πρώτη σεζόν οδήγησε την ομάδα σε μια κακή πορεία, και τον υποβιβασμό της ομάδας με μόλις 5 νίκες, 5 ισοπαλίες και 20 ήττες.
Ο υποβιβασμός αποδείχθηκε προσωρινός, καθώς η ομάδα κατέκτησε το πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής και εξασφάλισε έτσι την επάνοδο της στη κορυφαία Κατηγορία.
Επάνοδος για έξι χρόνια
Η επάνοδος του Εργοτέλη στην Α’ Εθνική συνέπεσε με την ίδρυση της Σούπερ Λιγκ. Την σεζόν 2006-07, ο Εργοτέλης τερμάτισε 9ος στην μεγάλη κατηγορία με 39 βαθμούς.
Την περίοδο 2007-08 τερμάτισε στην 13η θέση με 30 βαθμούς και σώθηκε στο παρά πέντε. Τον Ιανουάριο του 2008, η ομάδα πέρασε στα χέρια του Απόστολου Παπουτσάκη και μέσα στα επόμενα χρόνια καθιερώθηκε στη μεγάλη κατηγορία. Την περίοδο 2008-09, ο Εργοτέλης ισοφάρισε την καλύτερη του επίδοση στην Κατηγορία, τερματίζοντας ξανά 9ος και παράλληλα έγινε για πρώτη φορά στην ιστορία του η μοναδική ομάδα που εκπροσωπούσε το Ηράκλειο στην πρώτη εθνική, μετά τον υποβιβασμό του ΟΦΗ.
Έτσι η σεζόν 2009-10 , εξασφάλισε την 11η θέση και την παραμονή του στους τελευταίους δύο αγώνες. Η ομάδα αποζημίωσε τους φιλάθλους της την επόμενη περίοδο, πετυχαίνοντας το “πλασάρισμά” της στην 8άδα την σεζόν 2010-11.
Την περίοδο 2011-12, ήταν μια τραγική χρονιά που έφερε τελικά τον υποβιβασμό, ενώ στις 23 Ιουλίου 2012, ήρθε και ο θάνατος του πρόεδρου Παπουτσάκη σε ηλικία 60 ετών.
Τρίτη άνοδος και η πτώση στο ερασιτεχνικό
Την επόμενη περίοδο 2012-13 με προπονητή στην Β΄ Εθνική τον Σίνισα Γκόγκιτς, η ομάδα γνώρισε μεγάλη οικονομική και διοικητική αστάθεια, αλλά πρωταγωνίστησε στο πρωτάθλημα και κατέκτησε την άμεση επάνοδό της στη Σούπερ Λιγκ για τρίτη φορά, τερματίζοντας στη 2η θέση. Ωστόσο, το τρίτο πέρασμα του Εργοτέλη από τη μεγάλη κατηγορία αποδείχθηκε σύντομο.
Την περίοδο 2013-14 τερμάτισε στην 7η θέση (την καλύτερη της επίδοση), με ρεκόρ συγκομιδής βαθμών (44) στην κατηγορία. Ωστόσο, την επόμενη σεζόν, (2014-15) η ομάδα κατέλαβε την 16η θέση και υποβιβάστηκε στην Φούτμπολ Λιγκ. Η ομάδα συμμετείχε στο πρωτάθλημα της Φουτμπολ Λιγκ, (2015-16) αλλά τα οικονομικά προβλήματα ήταν μεγάλα και στις 19 Ιανουαρίου 2016 πάρθηκε η απόφαση για αποχώρηση με αποτέλεσμα έπειτα από 14 χρόνια συνεχούς παρουσίας στις επαγγελματικές κατηγορίες, η ΠΑΕ Εργοτέλης να επιστρέψει στα ερασιτεχνικά πρωταθλήματα.
Μετά την αποχώρηση της ομάδας από τα επαγγελματικά πρωταθλήματα, το ποδοσφαιρικό τμήμα επέστρεψε στον Ερασιτέχνη που ανέδειξε μετά από εκλογές νέο πρόεδρο και υπεύθυνο του ποδοσφαιρικού τμήματος τον Γιώργο Βρέντζο και η ομάδα αγωνίστηκε στην Γ΄ Εθνική (2016-17) όπου κατέκτησε το πρωτάθλημα του 4ου Ομίλου, επιστρέφοντας έτσι άμεσα στις επαγγελματικές κατηγορίες. Ο κ. Βρέντζος ωστόσο δήλωσε αδυναμία να αναλάβει το οικονομικό κόστος της συμμετοχής της ομάδας στο πρωτάθλημα της Φούτμπολ Λίγκ 2017-18, και στα τέλη Ιουλίου 2017, η Γενική Συνέλευση του Ερασιτέχνη αποφάσισε να παραχωρήσει την ΠΑΕ στον Μάγκεντ Σάμι. Το τέλος της θητείας του Αιγύπτιου έφερε μόνο δάκρυα για τον υποβιβασμό στα τοπικά πρωταθλήματα…