Από την 5η φάση θα μπει ο ΟΦΗ στο κύπελλο Ελλάδας της νέας σεζόν ενώ οι ομάδες της SL2 ξεκινούν από την 3η φάση. Η διοργάνωση αρχίζει στις 29 Αυγούστου με την συμμετοχή των ομάδων της Γ΄ Εθνικής. Η Σούπερ Λιγκ 2 μπαίνει στην 3η φάση στις 22 Σεπτεμβρίου ενώ οι 10 από τις 14 ομάδες της Σούπερ Λιγκ (εξαιρούνται Ολυμπιακός, ΑΕΚ, Άρης, ΠΑΟΚ) ξεκινούν από την 5η φάση στις 26-27-28 Οκτωβρίου. Αναλυτικά, το σύστημα διεξαγωγής αγώνων:
1η Φάση
Θα λάβουν μέρος οι ογδόντα δύο (82) ομάδες της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας. Μετά από κλήρωση 14 θα προκριθούν άνευ αγώνα στην επόμενη φάση και οι υπόλοιπες 68, αφού κατανεμηθούν σε ομίλους με γεωγραφικά κριτήρια θα δημιουργήσουν 34 ζευγάρια, από τα οποία μετά από μονούς αγώνες θα προκύψουν 34 νικήτριες ομάδες.
Γηπεδούχος ομάδα θα είναι αυτή που κληρώνεται πρώτη.
2η Φάση
Θα συμμετέχουν οι 34 νικήτριες από την 1η Φάση και οι 14 που προκρίθηκαν άνευ αγώνα. Σύνολο 48 ομάδες. Οι 48 ομάδες θα κατανεμηθούν σε ομίλους με γεωγραφικά κριτήρια. Θα σχηματιστούν 24 ζευγάρια, και θα προκύψουν 24 νικήτριες ομάδες μετά από μονούς αγώνες Γηπεδούχος Ομάδα θα είναι αυτή που κληρώνεται πρώτη.
3η Φάση
Θα συμμετέχουν οι 24 νικήτριες ομάδες της 2ης Φάσης και οι 32 ομάδες της Σούπερ Λιγκ 2. Σύνολο ομάδων 56.
Μετά από κλήρωση δημιουργούνται 28 ζευγάρια και θα προκύψουν 28 νικήτριες ομάδες μετά από μονούς αγώνες. Γηπεδούχος ομάδα θα είναι αυτή που κληρώνεται πρώτη. Σε περίπτωση που κληρωθεί ομάδα της Σούπερ Λιγκ 2 με ομάδα της Γ΄ Εθνικής τότε ο αγώνας θα διεξαχθεί στην έδρα της ομάδας της Γ΄ Εθνικής .
4η Φάση
Συμμετέχουν οι 28 ομάδες που προκρίθηκαν από την 3η Φάση. Μετά από κλήρωση δημιουργούνται 14 ζευγάρια. Οι αγώνες είναι μονοί.
Γηπεδούχος ομάδα είναι η ομάδα που κληρώνεται πρώτη. Σε περίπτωση που κληρωθεί ομάδα της Σούπερ Λιγκ 2 με ομάδα της Γ΄ Εθνικής τότε ο αγώνας θα διεξαχθεί στην έδρα της ομάδας της Γ΄ Εθνικής .
5η Φάση
Συμμετέχουν οι 14 νικήτριες ομάδες της 4ης Φάσης και οι 10 ομάδες
της Σούπερ Λιγκ ( εξαιρούνται οι ομάδες ΑΕΚ – Αρης – Ολυμπιακός – ΠΑΟΚ).
Σύνολο 24 ομάδες. Μετά από κλήρωση δημιουργούνται 12 ζευγάρια. Οι αγώνες είναι μονοί. Γηπεδούχος ομάδα είναι η ομάδα που κληρώνεται πρώτη.
Σε περίπτωση που κληρωθεί ως γηπεδούχος ομάδα ανώτερης κατηγορίας τότε ο αγώνας θα διεξαχθεί στην έδρα της ομάδας που ανήκει στην κατώτερη κατηγορία.
Προκρίνονται 12 ομάδες
Στην 1η,2η 3η,4η και 5η Φάση που οι αγώνες είναι μονοί εάν το αποτέλεσμα του αγώνα δεν αναδεικνύει νικητή, τότε θα υπάρχει ημίωρη παράταση και πέναλτι.
6η Φάση
Γηπεδούχος ομάδα είναι η ομάδα που κληρώνεται πρώτη. Οι αγώνες είναι διπλοί. Σύνολο αγώνων 16.
Προκρίνονται 8 ομάδες.
Μετά από την κλήρωση των ομάδων που συμμετέχουν στην 6η Φάση θα πραγματοποιηθεί η ανάπτυξη των ζευγαριών για την 7η Φάση (Προημιτελική) και 8η Φάση ( Ημιτελική ) καθώς και της τυπικά γηπεδούχου ομάδας του Τελικού. Όλοι οι αγώνες είναι διπλοί.
Το σύστημα κλήρωσης των επόμενων φάσεων θα ανακοινωθεί με νέο έγγραφο της Επιτροπής Διοργανώσεων
Στην 6η, 7η και 8η Φάση που οι αγώνες είναι διπλοί, για την ανάδειξη του νικητή (υπέρ)ισχύει το εκτός έδρας γκολ και στην περίπτωση που υπάρξουν δύο όμοια αποτελέσματα, στον 2ο αγώνα ακολουθεί ημίωρη παράταση και αν πάλι δεν αναδειχθεί ο νικητής, θα πραγματοποιηθεί η διαδικασία των πέναλτι.
Τελικός Κυπέλλου
Η ημερομηνία διεξαγωγής του Τελικού Αγώνα ορίζεται η 21/05/2022. Ο τελικός αγώνας θα διεξαχθεί στο στάδιο ΟΑΚΑ.