Ο Μελ που αριθμεί πάνω από 800 ματς στους πάγκους, άρχισε την προπονητική του καριέρα, στην ερασιτεχνική Κοσλάδα. Το 2001, μετά από ένα χρόνο στη Ρεάλ Μούρθια στη δεύτερη κατηγορία, αντικατέστησε τον Ραφα Μπενίτεθ στην Τενερίφη, στην πρώτη του περίοδο στην κορυφαία κατηγορία ως προπονητής με την ομάδα να υποβιβάζεται.
Τις επόμενες τέσσερις σεζόν εργάστηκε στην δεύτερη κατηγορία, ενώ το 2006 μετακόμισε στη Ράγιο Βαγιεκάνο την να επιστρέψει μαζί της στη δεύτερη κατηγορία τη περίοδο 2007-08 και στη συνέχεια την οδήγησε μέχρι την πέμπτη θέση.
Στις 15 Φεβρουαρίου 2010, μετά από μια σειρά κακών αποτελεσμάτων, ο Μελ απολύθηκε από την Ράγιο, και το καλοκαίρι υπέγραψε με την πρώην ομάδα της Μπέτις (β’ κατηγορία), οδηγώντας την πρώτη του χρονιά τους «βερδιμπλάνκος» πίσω στην κορυφαία κατηγορία. Ο Μελ τερμάτισε με την Μπέτις στην έβδομη θέση στην περίοδο 2012-13, κερδίζοντας θέση για το Γιουρόπα Λιγκ. Η συνεργασία τους τελείωσε στις 2 Δεκεμβρίου 2013, μετά από μια ήττα με 4-0 στο ντέρμπι από τη Σεβίλλη.
Στις 9 Ιανουαρίου 2014, υπέγραψε συμβόλαιο διάρκειας 18 μηνών με τη Γουέστ Μπρόμιτς (Πρέμιερ Λιγκ). Στις 12 Μαΐου, μια μέρα μετά το τέλος της σεζόν όπου οδήγησε την Μπρόμιτς στην 17η θέση, το συμβόλαιο του λύθηκε κοινή συναίνεση με τρεις νίκες σε 17 αγώνες.
Τον Δεκέμβριο του 2014 επέστρεψε στην Μπέτις, με συμβόλαιο μέχρι το τέλος της σεζόν. Ήταν ο προπονητής του μήνα της Σεκούντα Ντιβιζιόν τον Απρίλιο του 2015, αφού η ομάδα του κέρδισε όλα τα παιχνίδια της, με γκολ 11-2. Στις 24 Μαΐου, κατέκτησε το πρωτάθλημα με μόλις μία ήττα ως πρωταθλητής και η άνοδος σφραγίστηκε με τη νίκη 3–0 επί της Αλκορκόρν. Απολύθηκε στις 11 Ιανουαρίου 2016, με την ομάδα του να βρίσκεται στην 15η θέση μετά από μια κακή πορεία.
Στις 28 Φεβρουαρίου 2017, πήγε στην Λα Κορούνια (Πριμέρα) μέχρι το τέλος της σεζόν, αντικαθιστώντας τον Γκαριτάνο με την ομάδα να βρίσκεται δύο βαθμούς πάνω από τη ζώνη του υποβιβασμού. Ο ίδιος απολύθηκε στις 24 Οκτωβρίου, λόγω κακών αποτελεσμάτων.
Ακολούθησε η Λας Πάλμας στην οποία πήγε στις 4 Μαρτίου 2019, με συμβόλαιο μέχρι το τέλος της σεζόν. Στις 23 Ιανουαρίου 2022, απαλλάχθηκε από τα καθήκοντά του.
Τελευταία του ομάδα η Μάλαγα(β΄ κατηγορία) στην οποία πήγε στις 21 Σεπτεμβρίου 2022 και απολύθηκε στις 25 Ιανουαρίου 2023, με τον σύλλογο τελικά να υποβιβάζεται.