Το 1/3 του 20ού αιώνα στην Ελλάδα κύλησε με πολλά προσφυγικά ρεύματα από την Ανατολή, διάφορες περιοχές των Βαλκανίων και τη βόρεια πλευρά της Μαύρης Θάλασσας.
Σε όλα σχεδόν τα μέρη της χώρας εγκαταστάθηκαν χιλιάδες ξεριζωμένοι, οι οποίοι είχαν προλάβει να διασώσουν ελάχιστα τμήματα της περιουσίας τους και φορούσαν το μαύρο χρώμα του πένθους για όλα τα δεινά που υπέστησαν.
Εκείνα τα ταραγμένα χρόνια μία από τις περιοχές που δέχθηκε μεγάλο κύμα προσφύγων (από τα Βουρλά, το Πετρούμι, τις Κλαζομενές κ.τ.λ.) ήταν η Κρήτη. Παρηγοριά των Μικρασιατών και λοιπών κατατρεγμένων στους «ξένους τόπους» που έμελλε να ριζώσουν, ήταν η μουσική, οι παρέες και ο αθλητισμός.
Ο Παναθλητικός Όμιλος Ατσαλένιου ιδρύθηκε στις 6 Αυγούστου 1951 από τους Βαγγέλη Καϊσαρλή, Νίκο Γκογκόση, Γιώργο Μασέλη, Μανώλη Δεμενόπουλο, Βασίλειο Σαμψών, και άλλους, ενώ μερικοί από τους πρώτους άσους ήταν οι Δημήτρης Βάβουλας, Γιάννης Καρασάββας, Πάνος Μασέλης και Μανώλης Κουντούρης, Μικρασιάτες πρόσφυγες, καταγόμενους κυρίως καταγόμενοι κυρίως από τα Βουρλά οι οποίοι μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή το 1922 εγκαταστάθηκαν και κατοικούσαν στο Ατσαλένιο (Νέες Κλαζομενές) του Ηρακλείου. Με την ίδρυσή του αναγνωρίστηκε και εντάχθηκε στην Ε.Π.Σ. Ηρακλείου.
Έστω και με κάποια καθυστέρηση και αφού μεγάλο τους μέρος ήταν στον ιστορικό ΕΓΟΗ, οι κάτοικοι του προσφυγικού προαστίου έφτιαξαν ένα σύλλογο που συνδύαζε τη μια τους μεγάλη αγάπη… με την άλλη!
χρώματά του το πράσινο και το λευκό και έμβλημά του το αμπελόφυλλο. Εκτός του τμήματος ποδοσφαίρου διατηρεί και τμήμα σκάκι.
Στο παρελθόν διέθετε και τμήματα επιτραπέζιας αντισφαίρισης, πετοσφαίρισης, μπάσκετ, άρσης βαρών, και πάλης. Αγωνίζεται στην Γ’ Εθνική κατηγορία και έδρα του αποτελεί το ιδιόκτητο γήπεδο του συλλόγου.
Αποτελεί εκ των πιο δυναμικών σωματείων του Ηρακλείου έχοντας κατακτήσει 10 φορές (1963, 1966, 1971, 1974, 1985, 1988, 1995, 1997, 2015, 2016) το πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Ηρακλείου και 11 φορές (1975, 1978, 1984, 1986, 1987, 1991, 1997, 1998, 2001, 2003, 2015) το κύπελλο Ε.Π.Σ. Ηρακλείου, αποτελώντας πολυνίκης της διοργάνωσης. Επίσης, το 1984 ήταν φιναλίστ του Κυπέλλου Ελλάδας ερασιτεχνών, στον τελικό του ΟΑΚΑ με αντίπαλο τη Νίκη Διοικητηρίου Θεσσαλονίκης.
Ο «ΠΟΑ» έκανε σύντομα αισθητή την παρουσία του καθώς την περίοδο 1963-64 αγωνίστηκε για πρώτη και μοναδική φορά στην Β΄ Εθνική κατηγορία.
Την περίοδο 1966-67 αγωνίστηκε για πρώτη φορά στο πρωτάθλημα της δόκιμης τότε Γ’ Εθνικής κατηγορίας. Ακολούθως, τις χρονιές 1971 και 1974 αγωνίστηκε στο ερασιτεχνικό πρωτάθλημα ανόδου, χάνοντας αμφότερα την άνοδο στην Β’ Εθνική κατηγορία. Τις χρονιές 1978-79, 1979-80, 1980-81 και 1981-82 αγωνίστηκε στο πρωτάθλημα της Εθνικής ερασιτεχνικής κατηγορίας, πρόδρομος της Γ’ Εθνικής.
Τα επόμενα χρόνια κατά τη δεκαετία του ’80 μέχρι και αρχές της δεκαετίας του 2000 αγωνίστηκε στα πρωταθλήματα της Δ’ Εθνικής και της Ε.Π.Σ. Ηρακλείου. Το 1997 επιστρέφει στην Δ’ Εθνική, όπου αγωνίζεται συνεχώς από τη σεζόν 1997-98 μέχρι και την σεζόν 2002-03 όποτε και κατέκτησε το πρωτάθλημα 10ου ομίλου και προβιβάστηκε στην επαγγελματική πλέον Γ’ Εθνική κατηγορία.
Τη σεζόν 2004-05 αντιμετώπισε τον Παναθηναϊκό στον 1ο γύρο του Κυπέλλου Ελλάδας από τον οποίο ηττήθηκε με δυσκολία με 3-2 στο γήπεδο «Απόστολος Νικολαΐδηςª και με 0-4 στο γήπεδο «Θεόδωρος Βαρδινογιάννης» και αποκλείστηκε.
Τη σεζόν 2006-07 έφτασε για πρώτη φορά μέχρι τον 3ο γύρο του Κυπέλλου Ελλάδας, όπου απέκλεισε αρχικά την Δόξα Δράμας με 3-0 κατόπιν τον Εθνικό Αστέρα (ομάδα Β’ Εθνικής) με 1-0 και τέλος συνάντησε τον Ολυμπιακό Πειραιώς, από τον οποίο ηττήθηκε με 0-2 και αποκλείστηκε. Κατόπιν, αγωνίστηκε για 3 χρονιές στην Δ’ Εθνική μέχρι την περίοδο 2012-13, όποτε και αναδείχθηκε πρωταθλητής του 10ου ομίλου και επέστρεψε στη Γ’ Εθνική.
Στην Γ’ Εθνική αγωνίστηκε προσωρινά την περίοδο 2013-14, όποτε και τερμάτισε στην 8η θέση σε σύνολο 15 ομάδων του 5ου ομίλου και υποβιβάστηκε οριακά απευθείας στην Α’ Ε.Π.Σ. Ηρακλείου, καθώς η Δ’ Εθνική καταργήθηκε την προηγούμενη χρονιά. Αγωνίστηκε προσωρινά στο πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Ηρακλείου καθώς τη σεζόν 2015-16 αναδείχθηκε πρωταθλητής Ηρακλείου και Κρήτης και επανήλθε στην Γ’ Εθνική, όπου αγωνίζεται συνεχώς από την αγωνιστική περίοδο 2016-17 μέχρι και την τρέχουσα 2021-22.