Η άνοδος του ΠΟΑ στη Γ’ Εθνική, άφησε τις 17 ομάδες που έχουν δικαίωμα συμμετοχής στο νέο πρωτάθλημα της Α1 ΕΠΣΗ, όσες ακριβώς ήταν δηλαδή και φέτος. Σε ό,τι αφορά τις μικρότερες τοπικές κατηγορίες, με τα υπάρχοντα δεδομένα, 21 σωματεία βρίσκονται στην Α2 ΕΠΣΗ και 22 στη Β’ κατηγορία. Όλα αυτά βέβαια εάν επιστρέψουν οι ομάδες που έμειναν φέτος εκτός λόγω Μητρώου. Αναλυτικά οι 60 ομάδες που με τα σημερινά δεδομένα, θα βρεθούν στην αφετηρία των τοπικών πρωταθλημάτων για τη νέα σεζόν:
Α1 ΕΠΣΗ
- ΑΕΚ
- Ανθεστίων
- ΑΟΤ
- Βόνη
- Δαμάστα
- Εργοτέλης
- Μινωική
- Μοίρες
- Μοχός
- ΠΑΝΟΜ
- ΠΑΟΚ
- Πόρος
- Ποσειδώνας
- Ρούβας
- Ρωμανός
- Τύλισος
- Χερσόνησος
Α2 ΕΠΣΗ
- Αγία Βαρβάρα
- Άγιος Δημήτριος
- Αετός Ανωγείων
- Άλογο Μαλεβιζίου
- Ασήμι
- Ασίτες
- Γαρίπα
- Γιούχτας 2010
- Δειλινά
- Δίας
- Ζαρός
- Θρίαμβος Αναλ.
- Κανάρια
- Κεραυνός
- Κόροιβος
- Λίντο
- Νέοι Αλμυρού
- Ομόνοια
- Παλιανή
- ΠΟΗ
- Φαιστός
Β’ ΕΠΣΗ
- ΑΕ Κρητών
- Αστέρας Μυρτιάς-Πόρος
- Γόρτυς
- Δόξα Ηρακλείου
- Δωριέας
- ΕΓΟΗ
- Ελπίδες
- Ερμής Ατσαλένιου
- Ηρακλής Νιπιδιτού
- Κόρακας
- *Κουνάβοι
- Μαραθώνας
- Μαρτινέγκο
- Νέοι Αλμυρού Β’
- *Νέοι Ηροδότου
- *ΟΦΑ
- ΟΦΑΜ
- *Πήγασος
- Ραύκος
- Ροδιά
- Τηγανίτης
- Χαραυγή
*Mε αστερίσκο οι ομάδες που αποκλείστηκαν πέρσι λόγω Μητρώου ενώ σε ό,τι αφορά τη Χαραυγή, η επιστροφή της στη Β’ ΕΠΣΗ, είναι προς το παρόν ανεπίσημη.